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Whey native vs whey isolate : quelle est la meilleure whey ?


Mise à jour le 27 décembre 2025 (il y a 10 jours) par l’équipe de pharmaciens Protéalpes


La whey est la protéine de lactosérum la plus plebiscitée auprès des sportifs pour ses propriétés anaboliques et son assimilation rapide. Or, avec la multiplication des formes de whey sur le marché, il est parfois difficile de s’y retrouver. Entre les whey isolate, concentrée, hydrolysée ou encore native, les prix vont du simple au double, sans que l’on sache pourquoi.

Quelle est la meilleure whey et sur quels critères faire un choix ? Voici pourquoi la whey isolat possède les meilleurs attributs pour remporter le titre, avec tous les détails dans cet article.

En résumé

  • Aucune preuve scientifique ne montre que la whey dite “native” est supérieure à une whey isolate de qualité.
  • Une whey peut être native ET isolate.
  • L’isolate est souvent de meilleur rapport qualité/prix, mieux toléré, tout aussi efficace
  • Le terme “native” est surtout marketing, sans cadre réglementaire.

La différence entre Whey native et whey isolate

Native et isolate : une erreur de comparaison

Quand on parle de whey, l’erreur la plus courante est d’associer le mot « native » à « qualitatif ». Ce qui sous-entendrait que l’isolate “non natif” l’est moins. Alors qu’en réalité, les termes de whey native et de whey isolate font référence à deux choses différentes :

Native ≠ isolate :

→ Le terme de whey native désigne uniquement le fait que la filtration soit faite avant la coagulation de la caséine.
→ Le terme de whey isolate désigne le niveau de filtration du lait.

Donc, associer la qualité d’un produit au moment de la filtration du lait n’a aucun sens. On peut tout à fait créer une whey dite native avec du lait provenant d’une ferme où les vaches ne voient jamais le jour, ou bien nourries aux farines, sans herbe. Et dans ce cas, la qualité sera compromise, quand bien même la qualification de “natif” serait apposé sur le packaging.

Il faut bien comprendre de quoi on parle :

  • Native” est une appellation 100% marketing, sans base réglementaire. Le mot qualifie le moment où la whey est extraite. Si c’est à partir du lait entier, on parle de whey native. Si c’est à partir du lactosérum après coagulation ou séparation de la caséine, on parle de whey non-native.
  • Isolate désigne le degré de purification de la whey. Cette dernière a subi une filtration poussée pour atteindre une teneur en protéines supérieure à 80-85%.

L’accumulation des termes marketing sur une étiquette (native, isolate, ultra-filtrée, premium, pure, zéro…), ne garantit pas l’efficacité ou la qualité intrinsèque d’une whey.

Si l’on résume, une whey peut être :

  • native isolate ultra-pure, mais issue d’une matière première de mauvaise qualité, surtraitée, très chère ;
  • isolate non-native, mais avoir une bonne traçabilité, un bon profil en acides aminés, et un bon meilleur rapport qualité/prix.

… ou l’inverse ! En effet, isolate apporte une indication qualité technique, mais aucune sur la qualité intrinsèque du produit, sa traçabilité, son mode de production primaire…

Différences entre les wheyWhey nativeWhey isolate
Indique l’origine (lait frais) Oui Non
Indique la qualité de la matière première Non Non
Indique le taux de protéines Non Oui
Faible en lactose Pas forcément Oui
Peut être concentrée Oui Non
Peut être native Possible

Les formes de whey

Si l’on veut résumer les différentes formes de whey, on doit s’intéresser à 2 axes différents :

  • le degré de filtration : concentrée ou isolée ;
  • le moment de filtration : native ou non native.

Une whey peut donc être à la fois native et concentrée… ou native et isolée. Voici un résumé des possibilités :

Les formes de whey brutesConcentréeIsolate
Native (issue du lait entier)Whey native concentrée = Filtration non poussée, présence de graisses et de lactose, filtrée sur lait entierWhey isolate native = Très filtrée et pauvre en lactose. Souvent plus chère, sans bénéfice supérieur démontré par rapport à une whey isolate.
Non native (issue du lactosérum)Whey concentrée non native = Filtration non poussée, présence de graisses et de lactose, filtrée sur lactosérumWhey isolate non native = Très filtrée, faible en graisses et en lactose.

Une différence de prix

On voit des prix au kilo très variables sur le marché de la nutrition sportive selon les types de whey :

  • pour la whey native + isolate, le prix moyen sur 4 marques françaises est de 60 €/kg. Une majorité se situe entre 50 et 55 €/kg, mais les marques bio sont beaucoup plus chères (79 €/kg). Elle n’apporte aucun bénéfice scientifique supplémentaire proportionnel à ce coût.
  • pour la whey isolate classique (non native), le prix moyen sur 4 marques françaises est de 50 €/kg avec une fourchette de prix large, comprise entre 40 et 72 €/kg. Elle représente le meilleur rapport qualité-prix.
  • pour la whey native non isolate, le prix moyen sur 4 marques françaises est de 45,6 €/kg avec une fourchette de prix comprise entre 35 et 57 €/kg. Si le prix est plus bas, la concentration en protéines des matières premières l’est aussi.


Whey protéine

  • Fabriquée en interne par Protéalpes
  • Sans additifs, sans édulcorants
  • Isolat de protéines origine Rhône-Alpes

Ces clubs professionnels nous font confiance :


La fabrication de la whey native et isolate

Comment est fabriquée la whey native ?

La whey native est théoriquement obtenue par filtration du lait entier.

Les protéines sont ainsi extraites directement, sans passer par l’étape de coagulation de la caséine nécessaire à la production de fromage. Dans ce cas, la caséine sera coagulée par la suite pour la fabrication de fromage.

Dans tous les cas, la whey, qu’elle soit native ou non, est liée à la fabrication du fromage.

Dans le cas du natif, puisque le lait n’est pas lié à une appellation ou à une origine particulière, la fabrication peut être faite après filtration du lactosérum, pour des fromages à faible valeur ajoutée et justement liés à une industrialisation très importante.

Comment est fabriquée la whey isolate dite “non native” ?

La whey isolate peut donc aussi provenir du lactosérum déjà séparé de la caséine. Il s’agit du liquide principalement composé d’eau, issu de la fabrication du fromage après séparation du caillé (caséine coagulée).

Dans le cas de grosses productions fromagères, ce liquide peut être de seconde qualité. Mais dans un cadre de productions fromagères en coopératives, à partir d’un lait ultra qualitatif, le lactosérum n’est pas un “déchet” récupéré, mais bien un produit à très haute valeur ajoutée, comme en témoigne son prix marché qui grimpe d’année en année.

On peut souvent entendre des campagnes marketing de diabolisation de la whey dite “fromagère”, la représentant comme un déchet récupéré. Si le lactosérum liquide était effectivement considéré comme un déchet il y a quelques dizaines d’année, c’est parce que l’on était incapable d’un point de vue technologique de valoriser ce composé en le filtrant correctement.

Aujourd’hui, c’est un co-produit tout aussi qualitatif que le fromage fabriqué en parallèle, et on va voir un peu plus loin que le fait qu’il y ait une coagulation avant filtration (fabrication du fromage) ne change absolument rien à la qualité du produit fini (unique argument avancé par les marques utilisant de la whey dite “native”).

Ce qui définit la qualité essentielle d’une whey, c’est avant tout la qualité du lait dont elle est issue. Les étapes de filtration seront strictement identiques entre native et non native. Il y aura plusieurs étapes de filtration (ultrafiltration, microfiltration, diafiltration). Ce processus permet de concentrer les protéines et d’éliminer un maximum de matières grasses et de lactose.



La whey native est-elle meilleure que la whey isolate ?

Certains fabricants mettent en avant plusieurs arguments pour affirmer la supériorité de la whey native :

  • une teneur plus élevée en leucine et autres acides aminés ;
  • une dénaturation moindre préservant mieux la structure des protéines ;
  • l’absence de GMP (glycomacropeptides).

Cependant, aucune étude scientifique n’a démontré une quelconque différence pour les concentrations de leucine et/ou d’autres acides aminés. Il en est de même sur l’efficacité entre les whey native et non-native sur la synthèse des protéines musculaires ou les performances. 

Si certains avancent que la whey native augmenterait plus rapidement la concentration sanguine en acides aminés, cela n’a pas d’impact significatif. Et surtout : ça n’a fait l’objet d’aucun consensus scientifique.

De plus, les arguments avancés sont à relativiser :

  • La dénaturation des protéines est inévitable quelle que soit la méthode utilisée¹. Elle peut d’ailleurs être très importante lors des différentes étapes de production (pasteurisation, filtration à chaud, séchage non maîtrisé avec préchauffage…).
    Le caractère de filtration sur lait entier ou après coagulation de la caséine n’impactera pas la dénaturation. Comme pour le degré de filtration, une whey native peut être en réalité bien plus dénaturée qu’une “isolate classique”, et inversement. Il n’y a pas de lien direct entre dénaturation et moment de filtration.
  • La présence potentielle des GMP est probablement la seule différence objective et factuelle entre une whey filtrée sur lactosérum vs lait entier. Ces formes de protéines formées en très faibles quantités ont été décrites par les industriels de whey native comme des molécules dangereuses. Aujourd’hui, il est clair et prouvé² que ces GMP ne sont absolument pas dangereux, mais au contraire bénéfiques pour la santé des adultes selon les dernières études.

Le qualificatif “native” apparaît surtout comme un argument marketing, sans cadre légal et réglementaire précis. Il permet de justifier un prix plus élevé, sans réel avantage démontré par rapport à une whey isolate de qualité.
Il permet surtout d’outrepasser un potentielle qualité très médiocre du lait (origine, types d’élevages, quantités laitières…) avec un terme marketing puissant et faussement associé à “qualité”.

C’est la même chose pour la whey hydrolysée. Certaines marques ne peuvent pas présenter de différences à propos de la qualité initiale de leur lait. Dans ce cas, l’argument marketing de différentiation est mis sur d’autres points, moins objectifs, plus flous.

Comment bien choisir sa whey ?

Bien choisir sa whey demande de s’intéresser à :

  • la qualité du lait au départ, idéalement français (pour une marque française) et issu d’une agriculture extensive et traçable (union de producteurs, bio français…) ;
  • sa fabrication avec des process doux limitant la dénaturation (microfiltration à froid, séchage basse température…) ;
  • l’absence d’additifs et d’édulcorants, sans lécithines, avec des formulations de produits finis adaptées aux besoins spécifiques du sportif ;
  • au profil complet en acides aminés essentiels, en particulier naturellement riche en leucine, sans enrichissement.

Une whey isolate répondant à ces critères vous apportera tous les bénéfices recherchés pour soutenir efficacement votre développement musculaire et votre récupération, sans surcoût lié au côté “natif”. Vous trouverez plus d’information à ce sujet sur notre article sur les ingrédients de la whey protéine.



Quelle whey choisir selon son profil et ses objectifs ?

La whey native n’a pas d’avantages démontrés. Par contre, choisir un produit fini qui contient comme source protéique de l’isolat sera idéal pour les personnes intolérantes au lactose. Dans ce cas, elles sont invitées à vérifier dans la liste des ingrédients.

De plus, la whey dite “native” est souvent vendue plus chère que l’isolat “classique”. L’isolat offre un rapport qualité/prix imbattable pour la plupart des pratiquants.

Comment consommer la whey native ou isolate ?

Que vous choisissiez la whey native ou isolate, les conseils de consommation sont presque identiques. La poudre se mélange à de l’eau ou du lait pour obtenir une boisson protéinée à consommer :

  • au petit-déjeuner pour partir du bon pied ;
  • en collation entre les repas pour réduire le catabolisme ou éviter le grignotage, dans le cadre d’une période hypocalorique en perte de poids ;
  • avant de dormir, pour soutenir le métabolisme durant cette période de jeûne ;
  • juste après la séance pour lancer la récupération.

Il faut compter environ 20 à 25 g de protéines ( 20/25 g de produit fini) par prise, 1 à 2 fois par jour selon vos besoins. Il est possible d’incorporer la whey dans diverses recettes healthy comme des pancakes, smoothies ou bowls.

Enfin, pour profiter des bienfaits de votre whey, il faut toujours choisir un produit de qualité. Pour cela, il est recommandé de privilégier les marques qui maîtrisent la fabrication en interne. Il convient de choisir des marques transparentes sur l’origine et la traçabilité de toutes leurs matières premières. 

La whey doit idéalement être issue de lait de vaches en pâturages, en agriculture extensive et/ou bio, avec un véritable cahier des charges qualitatif présent et factuel. Sa traçabilité doit être irréprochable. On recommande d’éviter les formules aux longues listes d’ingrédients ou comprenant le moindre additif. Une whey aux valeurs sûres comme celle proposée par Protéalpes, apporte tous les bénéfices recherchés, sans les additifs superflus.

TypologieDescription
 Whey “nativeExtraite directement du lait entier, sans coagulation préalable de la caséine.
 Whey isolateFiltration avancée pour >80/85% de protéines sur produit brut, issue du lactosérum après séparation de la caséine par coagulation dans le cadre de la fabrication du fromage pour les wheys “non natives”.
 Différences clésNative = moment d’extraction vs isolate = degré de purification. Une whey peut être isolate et native.
 FabricationTrès impactée par la qualité du lait. L’appellation “native” n’a rien à voir avec la qualité initiale du lait. Phases de filtration puis séchage sont identiques entre deux isolates, qu’ils soient natifs ou non. Le “natif” est aussi lié à la fabrication du fromage.
 Choix selon objectifsIsolate recommandé pour intolérants au lactose, offre un bon rapport qualité/prix.
 Consommation20/25 g de protéines par prise, adaptable en shakes, pancakes, etc. Importante à divers moments de la journée.
 QualitéPrioriser la whey de lait de qualité, de pâturages, avec traçabilité parfaite, sans additifs. Natif qualité certaine.
 Conseil achatChercher la transparence du fabricant sur l’origine et la qualité des matières premières.
 RechercheAucune supériorité scientifiquement prouvée de la whey native sur l’isolate en termes d’efficacité musculaire.
 Marketing vs. science“Native” souvent utilisé comme argument marketing sans avantage prouvé ; choisir sur critères de qualité intrinsèques et objectifs personnels.

Conclusion

Il existe de multiples appellations autour de la whey protéine. Il est essentiel de distinguer les arguments marketing des vrais critères de choix. La confusion entre whey native et whey isolate repose sur une erreur fréquente. Les termes ne décrivent pas la même chose. Native réfère à l’origine et au moment d’extraction. Isolate indique un degré de filtration plus poussé, avec une teneur élevée en protéines et peu de lactose.
À ce jour, aucune preuve scientifique ne démontre une supériorité de la whey dite native par rapport à une whey isolate de qualité, à apport protéique équivalent. L’isolat offre ainsi le meilleur rapport efficacité-prix, une bonne tolérance digestive et une efficacité réelle pour la synthèse musculaire.
Pour bien choisir sa whey, c’est la qualité primaire du lait qui compte. Avec elle, les procédés de fabrication, la composition et la transparence des marques garantissent un bon produit, contrairement à l’accumulation de qualificatifs sur l’étiquette.

Références et sources scientifiques

1 Effect of homogenization and pasteurization on the structure and stability of whey protein in milk par Qi et al – 2014

2 Glycomacropeptide Bioactivity and Health: A Review Highlighting Action Mechanisms and Signaling Pathways par Còrdova et al – 2019

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